Cercetările științifice extrem de laborioase din domeniul medicamentelor pot fi acum accelerate datorită lansării aplicației AMBER 11, care le permite cercetătorilor să își tranforme sistemele personale în adevărate supercomputere. AMBER 11, cea mai nouă versiune a celei mai utilizate aplicații în domeniul bio-chimiei și cercetării dinamicii moleculare, este optimizată pe unitățile de procesare vizuală NVIDIA, aplicația înregistrând performanțe de procesare de până la 100 de ori mai mari în comparație cu serverele de procesare tradiționale, bazate pe CPU. Unitățile de procesare vizuală oferă acum unui desktop obișnuit performanțe care înainte erau rezervate doar supercomputerelor, îmbunătățind astfel munca cercetătorilor prin eliminarea timpului de așteptare pentru accesarea unui supercomputer comun sau a unei baze de severe.
"Resursele de procesare pe care le folosim sunt suprasolicitate în mod constant, forțându-ne să așteptăm o zi sau chiar mai multe pentru a rula o simulare, adăugând astfel săptămâni în plus proiectelor noastre de cercetare", precizează Dr. Ross Walker, profesor cercetător în cadrul San Diego Supercomputer Center al Universității din California, San Diego și un promotor al programului AMBER.
Aplicația AMBER 11 este concepută să utilizeze la maxim performanțele ultimei serii de unități de procesare vizuală NVIDIA Tesla™, care beneficiază de arhitectura de procesare paralelă CUDA™ în rularea sarcinilor complexe de procesare. În stadiile incipiente de testare în cadrul comunității utilizatorilor AMBER, Dr. Walker a înregistrat în medie o creștere de până la 30 de ori a vitezei de simulare a aplicațiilor bio-moleculare.
"Datorită unităților de procesare vizuală, acum putem să realizăm cea mai mare parte a studiilor noastre pe calculatoarele personale, iar asta schimbă totul. Orice department de cercetare interesat să investească în resursele de procesare ar trebui să înceapă prin a oferi fiecărui cercetator o stație de lucru bazată pe platformă GPU", a adăugat Walker.
Dr Walker a punctat că doar o singură unitate de procesare vizuală Tesla oferă la fel de multă putere de procesare cât 512 nuclee de procesor, în cazul simulării unei nanosecunde din viața unui nucelozom. Într-o simulare simplă tradițională, precum testul JAC, s-a constatat că o singură unitate Tesla GPU oferă echivalentul de procesare a 48 de nuclee din supercomputer-ul NSF Ranger.
"Nivelul de îmbunătățire a performanței permite dezvoltarea unor noi scenarii de simulare în știință, iar studiile dezvoltate alături de Dr. Walker fac parte din această categorie de realizări," afirmă Andrew Cresci, general manager al diviziei vertical marketing NVIDIA. "Cu aplicația AMBER 11 cercetătorii pot să testeze mult mai multe ipoteze și scenarii datorită vitezei oferite de untățile de pocesare vizuală și, cel mai important, datorită ușurinței cu care se poate accesa o stație de lucru bazată pe o platformă GPU."
Pentru mai multe informații privind aplicația AMBER 11 accesați: http://ambermd.org/gpus/. Pentru informații referitoare la inițiativa NVIDIA, Tesla Bio Workbench, din care AMBER face parte, care îi ajuta pe cercetătorii din domeniul biofizicii și chimiei să depășească limitele cercetărilor actuale, prin intermediul utilizării unităților de procesare vizuală, vă rugăm să vizitați: http://www.nvidia.com/object/tesla_bio_workbench.html
